Obec Vajkovce leží 205 m. n. m. v Košickej kotline v južnej časti údolia rieky Torysa. Obec leží asi 10 km severovýchodne od Košíc a asi 20 km juhovýchodne od Prešova. S týmito mestami ju spája diaľnica vzdialená od obce 500 metrov. Obec a okolie tvorí prevažne rovinatý, iba na okrajoch mierne zvlnený pahorkatinový povrch odlesnenej pôdy. Katastrálne územie obce má 350 ha.
Na západnej strane obce tečie jediná rieka v chotári - Torysa. Na južnej strane je umelo vykopaný kanál zvaný Chraštiansky jarek, ktorý sa vlieva do rieky Torysy. Rieka Torysa netiekla pôvodne tak tesne pri obci ako teraz, ale v riečišti zvanom „stará Torysa,, ktorá delí chotár tunajšej obce od chotára obce Budimír.